Perubahan dari masa ke masa senantiasa mewarnai perjalanan balai sejak masih bernama Sanggar Kegiatan Belajar (SKB) Malalayang Kabupaten Minahasa di era tahun delapan puluhan. Kala itu SKB merupakan organisatoris struktural Direktorat Pendidikan Luar Sekolah, Direktorat Jenderal Pendidikan Luar Sekolah, Pemuda, dan Olahraga (DIKLUSEPORA), Departemen P dan K, dan berada pada wilayah koordinasi kantor wilayah Departemen Pendidikan dan Kebudayaan Provinsi Sulawesi Utara.
Dalam perjalanan itu pula terbitlah Keputusan Menteri Pendidikan dan Kebudayaan Nomor 022/O/1997 tanggal 20 Februari 1997 tentang organisasi dan tata kerja Balai Pengembangan Kegiatan Belajar (BPKB) Malalayang, dengan wilayah kerja Provinsi Sulawesi Utara.
Unit Pelaksana Teknis Direktorat Jenderal DIKLUSEPORA merupakan lembaga teknis fungsional, dengan tenaga fungsional pamong belajar sebagai ujung tombak di lapangan. Tugas utamanya adalah melaksanakan pengembangan, pembimbingan, dan uji coba program DIKLUSEPORA, dengan wilayah kerja kabupaten dan kota se-Sulawesi Utara.
Era telah berubah. Di penghujung tahun 2000 negeri ini mengalami perubahan sistem ketatapemerintahan. Sistem era otonomi daerah diberlakukan, yang berdampak terhadap lembaga ini.
Berlakunya Undang-undang Nomor 22 Tahun 1999 tentang sistem pemerintahan daerah membuat status lembaga ini berada di persimpangan jalan, tetap menjadi milik pusat atau diserahkan ke daerah. Setelah melalui perdebatan dan tarik ulur yang panjang akhirnya diserahkan kepada pemerintah daerah, dan secara organisatoris sejak tahun 2001 berada di bawah Dinas Pendidikan dan Kebudayaan Provinsi Sulawesi Utara.
Terbitnya Peraturan Daerah Nomor 17 Tahun 2003 tentang Dinas Pendidikan Nasional Provinsi Sulawesi Utara dan UPTD, mengukuhkan bahwa balai ini resmi dikelola Pemda, bernomenklatur BPKB Provinsi Sulawesi Utara, dengan tugas dan fungsinya antara lain mengoordinasikan keberadaan sanggar-sanggar kegiatan belajar di Provinsi Sulawesi Utara di samping tugas-tugas pokoknya.
Perubahan dan perkembangan tidak pernah berhenti. Terbitlah Peraturan Gubernur Sulawesi Utara Nomor 82 Tahun 2008 tentang Pembentukan 2 (dua) UPTD pada Dinas Pendidikan Nasional Provinsi Sulawesi Utara yaitu Balai Pengembangan Kegiaatan Belajar menangani teknis pendidikan jalur nonformal dan informal, dan Balai Teknologi Informasi Komunikas dan Media Belajar menangani teknis jalur formal.
Suka dan duka bersama Pemda turut mewarnai perjalanan balai. Enam belas tahun sebuah waktu cukup. Pembelakuan Undang-undang Nomor 23 Tahun 2014 tentang pemerintah daerah berdampak pada perubahan pembagian tugas dan kewenangan pusat, provinsi, dan kabupaten kota, dalam melakukan pembinaan program pendidikan anak usia dini dan pendidikan masyarakat.
Implikasi dari undang-undang itu, terhitung mulai tanggal 1 Oktober 2016, dengan terbitnya Peraturan Menteri Pendidikan dan Kebudayaan Nomor 5 Tahun 2017 tentang tugas dan fungsi BP-PAUD dan Dikmas, BPKB Provinsi Sulawesi Utara kembali ke pangkuan Kementerian Pendidikan dan Kebudayaan, dengan nomenklatur Balai Pengembangan Pendidikan Anak Usia Dini dan Pendidikan Masyarakat Provinsi Sulawesi Utara, dengan tugas dan fungsinya adalah pengembangan model pembelajaran, pengembangan mutu, dan menjadi perekat hubungan antara pusat dan daerah.
Setelah diterbitkan Peraturan Menteri Pendidikan, Kebudayaan, Riset, dan Teknologi Republik Indonesia Nomor 14 Tahun 2022 tentang Organisasi dan Tata Kerja Balai Besar Guru Penggerak dan Balai Guru Penggerak, maka secara resmi BP-PAUD dan Dikmas Provinsi Sulawesi Utara berubah menjadi Balai Guru Penggerak Provinsi Sulawesi Utara.